Tomaten gehören zur Pflanzenfamilie der Solanaceen (Nachtschattengewächse) und zur Gattung Lycopersicon. Ihre wilden Urformen sind meist kleinfrüchtig (10 bis 15 mm Durchmesser). Einige Wildarten haben einen bitteren Geschmack und einen hohen Solaningehalt. Ihre Heimat sind die Trockengebiete im westlichen Südamerika (Kolumbien, Ekuador, Peru, Chile, Galapagos Inseln) vom Küstenstreifen bis in die Anden. Bereits vor der Entdeckung ihres Kontinentes durch die Spanier haben die Ureinwohner Mittel- bis Südamerikas Tomaten in Kultur genommen. Sie schufen durch Auslese zufällig entstandener, größerer Mutationen die Vorläufer unserer heutigen Kulturformen, die mit den Seefahrern im 16. Jahrhundert nach Europa gelangten. Noch heute sind solche Bauerntomaten in vielen Länder Lateinamerikas zu finden; beispielsweise in Guatemala, Honduras, Peru, Mexiko und Bolivien. Einige solche indigenen Kultursorten sind auch auf der Sortenliste von VEN und BUND zu finden wie die Reisetomate Guatemala, Bauerntomate Honduras, Peruanischer Beutel, Oaxan Jewel und Bolivianische Obsttomate.
Der von den europäischen Botanikern verliehene Gattungsname „Lycopersicon“ bedeutet in Griechisch soviel wie Wolfspfirsich; ein eher gefährlich anmutender Name. Die Tomate wurde noch lange nach ihrer Einfuhr in Europa - wie viele andere Nachtschattengewächse - für eine giftige Frucht gehalten und deshalb nur als Zierpflanze in fürstlichen Gärten gehalten. Später, als ihre Essbarkeit bewiesen war, erhielt sie den Artnamen „esculentum“, was essbar bedeutet.
Unter den südamerikanischen Kulturformen befanden sind wahrscheinlich auch Gelbfrüchtige. Diese gelangten vermutlich vor den Rotfrüchtigen nach Italien. So beschrieb 1544 der Botaniker Pietro Andrea Matthioli die Pflanze zunächst als Pomi d'oro (Goldapfel) und bis heute heißen Tomaten in Italien pomodori. Mit der Bevorzugung der roten Formen in vielen europäischen Ländern wurde sie bei uns früher Liebesapfel und in Österreich Paradeiser genannt. Diese Bezeichnung hat sich in Österreich bis heute gehalten. Die Italiener waren die ersten in Europa, die Tomaten in der Küche nutzten. Überliefert ist, dass der furchtlose Amerikaner Robert Gibson Johnson im Jahr 1840 in Salem, New Jersey, auf der Treppe eines öffentlichen Gebäudes vor den Augen aller eine rohe Tomate verspeiste (Quelle: Waverly Root: Enzyklopädie der kulinarischen Köstlichkeiten).
Mit Entdeckung der Essbarkeit in der Alten Welt wurde im ausgehenden 19. Jahrhundert begonnen, die Tomate in einigen europäischen Ländern systematisch zu züchten. In vielen Ländern rund um den Globus ranken sich Traditionen und Wissen um den Wert und die Nutzung vieler verschiedener Sorten. Weltweit sind bis heute mindestens 10.000 Kultursorten entstanden.