Im Reserva Ecológica befinden sich viele besonders geschützte und nur in Kuba vorkommende, oder sogar nur in dieser Region nachgewiesene endemische Pflanzen- oder Tierarten. Zu den besonders geschützten Arten gehört ein Kolibri, der „Zunzún“ (Chlorostilbon ricordii) (siehe auch Cites-Liste Anhang II). sowie der auf Kuba nur in wenigen Gebieten vorkommende endemische Hummelkolibri „Zunzúncito“ (Mellisuga helenae) - auch Bienenelfe genannt - sowie ein Singvogel, der endemische Pechero (Teretistris fornsi).
Es gibt weiterhin eine Vielzahl Reptilien (Schlangen, Eidechsen), die zu den vom Aussterben bedrohten Arten gehören, unter ihnen auch autochthone Arten.
Von herausragender Bedeutung jedoch ist das ausgedehnte Höhlensystem mit einem der bedeutendsten Vorkommen der endemischen Fledermausart Phyllonycteris poeyi und 15 weiteren Fledermausarten, von denen eine bereits als ausgestorben gilt.
(Siehe: Liste der in Siboney vorkommenden Fledermäuse)